System e-Deklaracje jest w pełni bezpieczny. W celu zapewnienia bezpieczeństwa świadczonej usługi Ministerstwo Finansów udostępniło podpis elektroniczny oparty na unikatowych cechach podatnika, takich jak: nazwisko, imię, data urodzenia oraz kwota przychodu wykazana w poprzednim zeznaniu rocznym (dane autoryzujące). Wystarczy tylko wejść na stronę www.e-deklaracje.gov.pl, pobrać właściwą aplikację (e-Deklaracje Desktop) lub wypełnić formularz interaktywny. PIT za pomocą Internetu można złożyć bez czekania w kolejce w urzędzie skarbowym czy na poczcie. Poza tym komputerowy program sam wykonuje wszystkie niezbędne obliczenia – jedyne, o co musi zadbać podatnik, to prawidłowe wpisanie wszystkich danych.
Po wysłaniu poprawnie wypełnionego formularza podatnik otrzyma numer referencyjny, generowany automatycznie przez system e-Deklaracje.  Przesyłając PIT przez Internet do urzędu skarbowego do celów dowodowych wystarczy zachować Urzędowe Poświadczenie Odbioru (UPO), które można odebrać za pomocą formularza udostępnionego na stronie systemu, podając wcześniej wygenerowany numer referencyjny. UPO stanowi dowód i potwierdzenie terminowego złożenia deklaracji. Nie ma już zatem potrzeby udawania się do urzędu skarbowego w celu otrzymania potwierdzenia złożenia zeznania podatkowego.

Co ważne – z tej formy składania zeznań podatkowych mogą również skorzystać wspólnie rozliczający się małżonkowie. W tym przypadku zeznanie podpisywane jest tylko przez małżonka, który występuje pierwszy na zeznaniu i w ten sposób składa oświadczenie o upoważnieniu go przez jego współmałżonka do złożenia wniosku o łączne opodatkowanie ich dochodów.